細胞破碎技術目前已發展了多種，以便適應不同用途和不同類型的細胞壁破碎。 破碎方法可規納為機械法和非機械法兩大類。如下介紹的是非機械法的分類：
1：化學破碎法
采用化學法處理可以溶解細胞或抽提胞內組分。常用酸、堿、表面活性劑和有機溶劑等化學試劑
2：去垢劑破碎法
蛋白質復性利用包含體與細胞碎片的密度差，用離心法將包含體與細胞碎片和可溶性蛋白質分開，獲得了干凈的包含體，再對包含體溶解復性。這樣首先就擺脫了大量的雜蛋白、核酸、熱原、內毒素等雜質，使后面的分離純化簡單了。從這個角度上講，包含體的形成對分離純化亦有好處。
3：酶溶破碎法
酶解是利用溶解細胞壁的酶處理菌體細胞，使細胞壁受到部分或完全破壞后，再利用滲透壓沖擊等方法破壞細胞膜，進一步增大胞內產物的通透性。溶菌酶（lysozyme)適用于革蘭氏陰性菌細胞的分解，應用于革蘭氏陽性菌時，需輔以EDTA使之更有效地作用于細胞壁。 真核細胞的細胞壁不同于原核細胞，需采用不同的酶。
4：滲透壓沖擊破碎法
滲透壓沖擊是較溫和的一種破碎方法，將細胞放在高滲透壓的溶液中（如一定濃度的甘油或蔗糖溶液），由于滲透壓的作用，細胞內水分便向外滲出，細胞發生收縮，當達到平衡后，將介質快速稀釋，或將細胞轉入水或緩沖液中，由于滲透壓的突然變化，胞外的水迅速滲入胞內，引起細胞快速膨脹而破裂。
5：凍融破碎法
將細胞放在低溫下冷凍（約-15℃），然后在室溫中融化，反復多次而達到破壁作用。由于冷凍，一方面能使細胞膜的疏水鍵結構破裂，從而增加細胞的親水性能，另一方面胞內水結晶，形成冰晶粒，引起細胞膨脹而破裂。對于細胞壁較脆弱的菌體，可采用此法。
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